Tapak kubu Federik Hendrik merupakan sebahagian dari bekas tapak Kota Melaka yang dibina oleh Portugis di atas kota empayar Kesultanan Melayu Melaka. Kubu ini dipercayai berhampiran dengan kawasan bekas Istana Sultan Melaka dan penempatan pembesar-pembesar kerajaan Melayu Melaka. Semasa zaman keagungan kerajaan Kesultanan Melayu Melaka sebahagian besar aktiviti pemantauan kapal dagang dan perdagangan dunia yang melalui Selat Melaka dan muara Sungai Melaka telah dikendalikan di kawasan ini.
Semasa pemerintahan Portugis, Kota Melaka dilengkapi dengan pembinaan kubu pada setiap penjuru. Kubu Courassa menjadi kubu pertahanan utama Portugis yang menghadap ke arah Selat Melaka. Apabila Melaka ditakluki oleh Belanda pada 1641, kubu ini telah diperbaiki dan dinamakan kubu Frederik Hendrik sempena nama Raja Hendrik yang memerintah Belanda pada tahun 1642 hingga 1647. Pada 1640 dan 1678, kubu ini telah diperkukuh semula dengan diperbesarkan ukuran dan ketinggian dan menjadi kompleks utama pertahanan Belanda.
Kubu ini amat penting kepada pertahanan Kota Melaka dan bandar pelabuhan Melaka. Dari atas kubu yang kukuh dan tinggi ini dapat memberikan gambaran dan panorama sepenuhnya yang berlaku di Selat Melaka dan juga pelaburan Melaka. Tentera yang berkawal di atas kubu ini dapat melihat segala ancaman yang datang dari Selat Melaka dan akan memberikan tindak balas dalam masa yang singkat.
Kubu ini dilengkapi dengan meriam, peralatan peperangan dan penempatan tentera, pos utama kawalan tentera, bilik simpanan senjata peperangan dan meriam. Di tapak kubu ini juga tersimpan banyak khazanah sejarah lama tentang peperangan dan kekuatan yang dimiliki oleh kerajaan Melayu Melaka, Portugis dan Belanda.
Pada tahun 2006 dan 2007, Jabatan Warisan Negara (JWN) telah melaksanakan ekskavasi arkeologi di tapak ini. Penyelidikan ini berjaya mendedahkan struktur tembok kota, kubu Frederik Hendrik dan menjumpai 4 rangka manusia. Selain itu terdapat jumpaan lain seperti manik kaca, peluru meriam dan syiling lama yang tertanam di kawasan ini.